第一、常与淋菌混合感染。有些患者不表现特殊症状。
第二、宫颈糜烂，排出脓性分泌物；或虽有宫颈炎但无临床症状。衣原体常寄生在宫颈管柱状上皮细胞内。有时可出现轻微的阴道溢液、流血、排尿困难等。
第三、未经治疗的感染可引起输卵管炎，表现为下腹疼痛，输卵管炎可能为急性、亚急性、慢性或潜伏性，也可引起子宫内膜炎。衣原体感染引起的症状与体片都不严重，但对输卵管的损害，可导致不孕或异位妊娠。
第四、前庭大腺炎。
第五、尿频、尿急、尿痛等急性尿路综合症。
第六、新生儿感染。分娩时新生儿经过宫颈、阴道，受感染率可达25%~70%。有些感染可能是由于出生后母新喂养或手抚摸等接触所致。新生儿感染后数周或数月才出现症状，如：眼结膜炎；双眼红肿，排出水样液，继之脓性液；鼻咽炎；鼻粘膜充血，鼻塞，流涕；支气管炎，肺炎等。还可发生外阴炎，直肠炎，胃肠炎等；也可引起中耳炎和鼻咽部严重梗阴窒息而导致死亡的报道。
第七、妊娠期宫内感染。可引起胎儿发育不良，死亡，出血，早产和低体重儿。
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