阴道囊肿是阴道良性肿瘤中最常见的，正常阴道没有腺体存在，但偶可发现孤立的迷走的隐窝，并由此形成含有液体的潴留性囊肿，并非赘生性或增生性肿瘤。一般囊肿上皮多来源于胚胎时期的苗勒氏管，中肾管及泌尿生殖窦。卵巢冠纵管囊肿来源于午非氏管的事迹。
阴道囊肿又分为上皮包含囊肿和胚胎遗留性囊肿两类。上皮包含囊肿是由于分娩时阴道粘膜受损，或阴道手术缝合时阴道粘膜被卷入阴道深层，伤口愈合后此粘膜继续增生脱屑，然后液化形成囊肿。一般无症状，常于检查时发现。胚胎遗留性囊肿又称中肾管囊肿，阴道旁的中肾管如有阻塞，分泌物潴留可形成囊肿，在阴道侧壁或下段的前壁可见到，呈成串或多发，如葡萄或乒乓球大小，囊肿壁薄为单房。一般没有症状不需治疗，如较大或发生感染可行剔除术。
囊肿可能为分节状或为多数性，囊肿大小不一，一般均为2～3cm直径，外表光滑，固定，触之有囊性感。这种囊肿经常较小而无临床意义，但偶尔可生长很大，而引起性交困难或性交疼痛，甚至阻碍分娩，有时压迫膀胱三角区，引起小便次数增加。在极少数病例中，其细长索状的蒂可引起肠管的扭曲和阻塞。
囊肿的内容物多为水样，浆液性或乳白色液体，也有呈深棕色者。其颜色和粘稠度视有无囊内出血和出血量多少而不同。
以手术切除为主。如囊肿位置不太高，手术常不困难，但在剥离过程中须注意且勿伤及尿道或膀胱。如果肿瘤大而位于穹窿深部，且向阔韧带内扩展时，则不可能经阴道将其完整的切除，即使同时经腹部手术，也非常困难。有些作者认为将残留的囊壁用刮匙刮后，将其残端的边缘分别和阴道粘膜切口的相应边缘缝在一起造口，再用纱条填塞阴道，压迫残留囊腔，有可能使残留的囊壁完全粘连闭合，即使不能粘连闭合，也不致于再充胀起来。
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